En un proyecto recientemente, tuve un pequeño y gran problema, un menu el site estaba hecho con Prototype y Mootools, y yo hice parte del proyecto aparte, al unirlo yo trabaje en jquery y me daba todo tipo de errores y conflictos.

Como hice, bueno leyendo en la web  y principalmente en visualjquery.com me percate que existe una funcion de jquery que se llama .noConflict() el cual una de las funciones del mismo es cambiar el alias ($) a cualquier otro que deseamos.

El codigo que utilice fue el siguiente:

Antes
Query().ready(function(){
$("a.listaFull").toggle(
function(){
$("#resultado").slideDown(200);
},
function(){
$("#resultado").slideUp(100);
});

Despues

var j = jQuery.noConflict();
Query().ready(function(){
j("a.listaFull").toggle(
function(){
j("#resultado").slideDown(200);
},
function(){
j("#resultado").slideUp(100);
});

Que es todo esto, bueno

creamos un nuevos alias, pero de tipo noConflict() el cual hereda todas las funciones del jquery normal, de alli en adelante utilizamos a la j como si fuera $ de jquery, de esta manera no chocamos ni con prototype ni mootools.